Entre sus mayores contribuciones científicas destaca la determinación de la direccionalidad de la lectura de la información genética, durante su etapa en el laboratorio de Severo Ochoa, y el descubrimiento y caracterización del ADN polimerasa del fago Φ29, que tiene múltiples aplicaciones biotecnológicas debido a su altísima capacidad de amplificación del ADN. En la actualidad (2012) es profesora Ad Honorem en el Centro de Biología Molecular Severo Ochoa, centro de investigación mixto del CSIC y de la Universidad Autónoma de Madrid, donde sigue trabajando con el virus bacteriófago Φ29, de gran utilidad en la investigación en biotecnología y el cual infecta una bacteria no patógena, Bacillus subtilis.
Margarita Salas ha fallecido el pasado 7 de noviembre, a los 80 años por una parada cardíaca.
A pesar de su avanzada edad, la científica seguía en activo y acudía prácticamente todos los días a su laboratorio en el Centro Nacional de Biología Molecular Severo Ochoa, propiedad del CSIC y la Universidad Autónoma de Madrid.
