El italiano Enea Bastianini (Honda) logró su primera victoria de la temporada y la segunda de su carrera deportiva al imponerse por escasamente 17 milésimas de segundo al sudafricano Brad Binder (KTM), matemáticamente campeón del mundo de Moto3 en 2016, en el Gran Premio de Japón de la categoría que se disputó en el circuito de Motegi. Junto a Bastianini y Binder acabó en el podio Bulega, tras la descalificación de Ono, y con Joan Mir (KTM) como el mejor español en la décima posición.
En la formación de salida ocupó entonces la primera posición el italiano Andrea Migno (KTM), que por primera vez en sus 42 grandes premios lo iba a hacer desde un puesto tan privilegiado y al apagarse el semáforo su salida no pudo ser más espectacular, con levantada de rueda delantera incluida fue el primero en llegar a la curva de final de recta, con el surafricano Brad Binder (KTM) pegado ya a su estela.
Y fue en esa primera curva del trazado de Motegi donde la carrera de Moto3 perdió a sus tres primeros contendientes, el español Jorge Navarro (Estrella Galicia 0'0 Honda), que se tocó con el también español Joan Mir (KTM) y se fue al suelo llevándose en la acción al argentino Gabriel Rodrigo (KTM) y el británico John McPhee (Peugeot), que se vieron involucrados en la misma caída y aunque lo intentaron ninguno de ellos pudo seguir en carrera.
De esta manera Navarro, que se dislocó el hombro izquierdo en el accidente, dejó el camino expedito al italiano Enea Bastianini (Honda) para recuperar la segunda plaza del campeonato y consolidarse en la misma mientras Brad Binder no esperó demasiado para superar a Migno y comenzar a marcar un ritmo al que inicialmente se unieron Bastianini y un extenso grupo de pilotos.
El ritmo que en cabeza impuso Binder hizo la criba esperada y apenas seis pilotos la integraron, casi todos ellos italianos, Enea Bastianini, Andrea Migno, Francesco Bagnaia (Mahindra) y Nicolo Bulega (KTM), además del japonés Hiroki Ono. Algo más tarde, Jorge Martín (Mahindra), que era el primer español de la clasificación en el segundo grupo, después de mejorar de sus molestias en el músculo tibial, sufrió una salida de pista que forzó su retirada, como también la de Canet por problemas técnicos en su moto tras la caída y algo después también de Juanfran Guevara.
Brad Binder intentó marcharse de sus rivales, pero entre ellos Enea Bastianini vio su oportunidad y se pegó a la rueda de su rival para buscar la oportunidad de superarlo en el último giro, en el final de la recta posterior y antes de la entrada en el segundo túnel.
