Según el diario 'El Mundo', don Juan dejó una herencia de más de mil millones de pesetas, un dinero que acumuló en tres cuentas en Suiza, por un valor de casi 728 millones de pesetas, dos en Lausanne en las que tenía 277 millones y 199 millones y otra en Ginebra, con 252 millones de pesetas.
También dejó en herencia bienes inmuebles por valor de 350 millones, como un chalé en Puerta de Hierro, un apartamento en Estorial y otra vivienda en la Gran Vía de Madrid.
Su hijo, el Rey Juan Carlos, al que encargó el cuidado de su madre, doña María de las Mercedes, recibió 375 millones de pesetas y sus hijas, las infantas Margarita y Pilar, heredaron respectivamente 172 y 131 millones de pesetas.
Los albaceas recomendaron a los herederos no repatriar el dinero acumulado en el extranjero por cuestión de imagen y parte de ese dinero se cree que podría haberlo herededado de su padre, el rey Alfonso XIII.
Algunos biógrafos creen que el padre del conde de Barcelona tenía una cuenta socorro, que solo se usaba en caso de necesidad familiar.
De los más de 18 millones que Alfonso XIII dejó de herencia, don Juan heredó tres veces más que sus hermanos y también recibió valiosos bienes como los palacios de Miramar y Magdalena, que vendió.
Quizá esas operaciones ayudó a engrosar sus cuentas suizas porque en España no tenía sumas importantes y nunca tuvo una actividad profesional remunerada.