Las denuncias de las distintas ONG como SOS Racismo o Karibu se han centrado en la situación en la que viven los internos en este centro, con capacidad para acoger a 280 inmigrantes. En distintos informes presentados recientemente, han constatado que existe abuso de la reclusión en estas instalaciones policiales donde se ingresa a los extranjeros para ser expulsados del país y deficiencias como la falta de enfermería o de cobertura de necesidades básicas como ropa y calzado.
Asimismo, otras deficiencias detectadas por las ONG son la existencia de menores con documento original de su país que fueron tomados por adultos, de víctimas de trata, posibles refugiados o personas con discapacidad.
Recientemente, tras una queja de SOS Racismo, el Juzgado de Instrucción número 6 de Madrid instó al director del CIE a garantizar el derecho de asilo de las personas internas y disponer de los medios suficientes para que puedan presentarse las solicitudes y facilitar al interesado una copia de la misma.
También los sindicatos policiales se han hecho eco de la situación que afecta a este tipo de centros. Como ejemplo, el Sindicato Unificado de Policía (SUP) alertó sobre la situación de "insalubridad" que reinaba en general en los ocho Centro de Internamiento de Extranjeros que existen en España y reclamaba mejoras en las condiciones de trabajo de los policías.
La propia alcaldesa de la capital, Manuela Carmena, calificó los CIE como una institución "fracasada" y anunció que el Ayuntamiento "prepara alternativas" al de Aluche, donde se producen "internamientos absolutamente indebidos".
También desde el PSOE, la portavoz municipal, Purificación Causapié, se mostró partidaria de crear una comisión de trabajo sobre la situación del mismo que analice las deficiencias que presenta el centro y plantee medidas que garanticen las condiciones adecuadas de vida y el respeto de los derechos de las personas internadas.
Colectivos sociales y vecinales madrileños han protagonizado distintas concentraciones pacíficas reclamando el cierre de este centro. Vecinos de los barrios de Aluche y Carabanchel reivindicaron recientemente el desmantelamiento del centro para construir en su lugar un centro para la memoria de los presos y víctimas de la extinta cárcel de Carabanchel.