La Policía Nacional registró la vivienda de Carlos Fernández el 27 de junio de 2006, en plena segunda fase de la 'operación Malaya', y al día siguiente su entonces letrado remitió al juzgado un escrito en el que el exedil se ponía a disposición de la justicia para colaborar y aseguró que éste estaba haciendo el Camino de Santiago, aunque desde entonces se desconoce su paradero. Luego, fue declarado en rebeldía.
Según han precisado las fuentes, la entrega ya se habría realizado, personándose en un juzgado del país en el que se encuentra y la intención es llevar a cabo los trámites del protocolo de extradición.